모집인원은 일반대학원의 경우 석사과정에서 일반과정(47개), 학과간협동과정(11개), 학·연협동과정(19개) 등 총 77개 과정에서 195명을 모집한다.
이와 함께 박사과정에서는 일반과정(26개), 학과간협동과정(15개), 학·연협동과정(16개) 등 총 57개 과정과 석·박사 통합과정에서는 일반과정(20개), 학과간협동과정(3개), 학·연협동과정(16개) 등 총 39개 과정에서 박사 및 석·박사 통합과정을 합쳐 102명을 모집한다.
또한 교육대학원은 석사과정으로 18개 전공에서 170명(교원자격취득인원 85명 포함)을 모집한다.
원서접수는 일반대학원의 경우 지원자 편의를 위해 인터넷 접수를 실시하며 교육대학원은 창구(방문) 접수만 실시한다. 합격 후 수업은 교육대학원의 경우 계절제(5학기제)로 운영된다.
기타 자세한 대학원별 지원자격 및 전형방법 등 입학문의는 대학원별 홈페이지 및 행정실로 연락하면 자세한 사항을 안내 받을 수 있다.
한편 목포대 대학원은 그동안 지역 사회 각 분야에 종사하고 있는 각계 인사에게 평생교육의 일환으로 재교육 기회를 제공하고 있다.
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