등록세 400억 면제 2차전…'소급 적용' 열쇠 쥔 조세심판원

임종철 디자인기자 /사진=임종철 디자인기자

회생기업들에게 떨어진 세금폭탄 문제를 해결하기 위해 법 개정까지 이뤄졌지만, 소급조항을 두고 기업들과 지방자치단체들 사이에 400억원 규모의 2차 조세분쟁이 발발했다. 지난해 말 국회 논의 과정에서도 예고됐던 갈등이다.

이미 부과된 세금을 취소할 수 없다는 지자체 측과 개정법에 따라 과세처분을 취소해달라는 회생기업이 맞부딪치면서 문제를 풀 열쇠는 조세심판원(조심원)이 갖게 됐다.


조심원이 기업 손을 들어 전액 비과세 결정을 내릴 경우 처분청은 심판결정에 불복할 수 없어 이 결정으로 조세분쟁이 일단락된다. 하지만 일부 과세를 인정하는 식으로 개정법을 해석할 경우 소송전이 장기화할 전망이다.
◇8년 만에 바로잡은 법…그러나
2015년 지방세법 개정 당시 '법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록'을 비과세에서 제외한다는 단서 조항이 신설됐다. 개정되기 전 지방세법은 법원으로부터 회생인가를 받은 기업의 등록면허세(이하 등록세)를 비과세하도록 규정했다.

이에 따라 2005년 제정 당시부터 촉탁등기의 등록세를 비과세로 규정한 채무자회생법과 충돌이 발생했다. 문제는 지방자치단체에서 2021년 무렵부터 지난해까지 뒤늦게 이 지방세법 개정을 근거로 회생기업에 등록세를 무더기로 과세하면서 불거졌다.

회생기업 입장에선 등기 당시 등록세와 관련한 어떤 고지도 받지 못하다 수년이 흘러 지자체로부터 예상치 못한 세금에 지연이자가 납부해야 하는 일이 발생하게 된 것이다. 2015년부터 지난해 말까지 등록세로 약 1000억이 부과된 것으로 알려졌다.


머니투데이는 이 같은 사실과 관련해 지난해 3월 4차례에 걸쳐 문제점을 지적하는 기사를 보도했고, 법무부와 행안부는 문제가 된 지방세법을 다시 개정해 법인회생 절차에서 모든 촉탁등기에 대한 등록세를 비과세로 바꾸기로 했다.

☞참조: 3월3일자 [단독]회생기업에 갑자기 날아든 세금폭탄…"5년 넘게 아무말 없다가"
◇갑자기 들어온 소급조항…국회서 예고된 갈등

행정안전부가 지난달 13일 전국 지방자치단체에 배포한 '2024년 「지방세법」 적용요령' 지침 중 일부 발췌

국회 논의과정에서 개정 지방세법에 소급조항 부칙이 추가됐고, 이것이 갈등의 씨앗이 됐다.

구체적으로 등록세 비과세 범위를 개정법 시행 이후 접수되는 회생사건 뿐만 아니라, 올해 1월1일 당시 회생절차가 진행 중이거나 회생계획을 수행 중인 경우에도 적용키로 했다. 법 개정 이전에 등록세가 부과됐던 일부 사례에서도 비과세 혜택이 부여되는 것이었다.

유상조 국회 행정안전위원회 수석전문위원은 지난해 12월5일 행안위 법안소위에서 "정부안으로 개정된 법률이 실무상 혼선을 발생시켜 8년 만에 재개정을 추진하고 있다는 것과 구법 적용 기간이 8년에 불과해 그 전후 기간에 면세받은 자와의 형평성 문제가 부각될 수 있다"며 소급조항 도입 필요성을 주장했다.

이에 대해 고기동 행정안전부 차관은 "정당하게 이뤄진 과세를 소급(비과세)하는 것은 법적 안정성 측면도 고려해야 한다"며 반대했다. 특히 약 400억원에 달하는 소급적용 혜택 대부분이 A사 한 곳에 쏠려 특정 지자체(경남도)에서 그만큼 환급해야 한다며 재차 재고해달라고 요청했다. 하지만 국회 논의 끝에 행안부가 소급조항을 받아들이면서 법이 개정됐다.

경남도는 이에 반발해 A사에 부과된 등록세 비과세를 거부하며 조심원에서 다투고 있다. 조심원 결정에 따라 조세분쟁이 대법원까지 갈 수 있어 양측 모두 촉각을 곤두세우고 있다.

앞서 조심원은 지난해 유사한 사건들에서 지방세법과 채무자회생법 충돌 사정을 고려해 납세자의 과실이 없다는 취지로 가산세를 부과할 수 없다고 결정했다. 등록세 처분은 당시 지방세법에 따라 적법하다고 판단했다. 다만 법 개정 이후 소급적용 부칙에 따른 기존 과세처분에 대한 판단은 아직 없는 상황이다.

과세처분청은 심판결정에 불복할 수 없다. 하지만 조심원이 등록세 처분이 적법하다고 재차 판단할 경우 행정소송이 불가피하고, 양측 입장이 극명하게 엇갈리는 만큼 최종심까지 다툴 가능성이 높다. 법조계에 따르면 A사와 경남도의 조세불복심판 결정은 오는 5~6월쯤 나올 예정이다.