연구개발비 세액공제 받고 싶은데…꼭 사전심사 신청해야 하나요?

국세청 전경./사진=머니투데이 DB

연구·인력개발비(R&D) 세액공제를 받고 싶은 기업은 꼭 사전심사 제도를 이용해야만 할까. 결론부터 말하면 아니다.

30일 국세청에 따르면 사전심사 제도는 사전심사를 신청한 납세자에 대해 세액공제의 적정 여부를 사전에 확인해 주는 제도로서 기업의 성실신고를 지원하기 위해 도입됐다. 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니라는 얘기다. 따라서 사전심사를 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고할 수 있다.


R&D 세액공제 관련한 궁금한 사항을 질의응답(Q&A)를 통해 살펴본다.

- 사전심사는 누가 신청할 수 있나.
▶ R&D 세액공제를 적용받고자 하는 내국인(내국법인·거주자)이 신청할 수 있다. 단 외국법인과 비거주자는 신청 대상이 아니다.

- 대리인도 사전심사 신청 또는 취하를 할 수 있나.
▶신청인이 사전심사 신청을 대리인에게 위임한 경우 신청할 수 있다. 그러나 신청의 취하는 별도로 취하에 대한 위임을 받은 경우에 한해 취하할 수 있다.


- 사전심사 신청 후 진행상황을 확인할 수 있나.
▶ 홈택스를 통해 사전심사 담당자와 세분화된 단계별 진행상황을 확인 할 수 있다.

- R&D로 이미 지출한 비용에 대해서만 사전심사를 신청할 수 있나.
▶ 그렇지 않다. 이미 지출한 비용뿐만 아니라 가까운 장래에 지출할 것이 확실한 비용, 전체 비용 중 일부 항목, 전체 연구과제 중 일부 과제에 대해서도 신청할 수 있다.

- 국세청 심사과정은 어떻게 진행되나.
▶기술검토는 본청 공익중소법인지원팀에서, 비용심사는 기업규모별로 구분해 중소기업은 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당한다. 신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 한다. 국세청 심사는 △서류확인(보완요청) △서면심사(기술·비용검토) △현장확인(필요시) △검토보고서 작성 △결과통지 순으로 진행된다. 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있다.

자료=국세청 제공

- 예상 처리기간은.
▶특별한 사유가 없는 한 2주 이내 처리하고 심사결과를 통보한다. 단 법인세 신고기간인 3월에 신청이 집중되거나 R&D 활동에 대한 자료의 보완이 필요한 경우 등 불가피하게 처리가 지연될 수 있다. 신고기한까지 심사결과를 받지 못해 세액공제를 신고하지 아니한 신청인에 대해선 심사결과에 따라 경정청구를 안내해 신청인의 불편을 최소화하고 있다.

- 사전심사 결과에 이의가 있는 경우에는.
▶1회에 한해 재심사를 청구할 수 있다. 이 경우 심사의 공정성을 위해 심사담당자를 변경해 기술 및 비용검토를 진행하고 있다.

-사전심사를 신청할 때 기술 관련 중요서류를 제출하게 되는데 이에 대한 보안관리는 어떻게 .
▶신청인이 제출한 정보에 대한 접근 권한을 심사부서 담당자로 제한한다. 전산자료는 반드시 암호를 설정해 관리하는 등 내부통제를 통해 철저히 관리·감독하고 있다.

- 올해부터 제도가 개선된 점은 무엇인가.
▶기존에 우편·방문접수만 가능했던 보완서류를 홈택스에서도 제출 가능하게 개선됐다. 신청 후 사전심사 진행 상황을 직접 확인할 수 있도록 전산 조회화면을 개발하는 등 편의성을 더욱 강화했다. 신청인이 심사과정에서 언제든 연구활동에 대한 증빙자료를 추가로 제출할 수 있도록 홈택스 시스템을 개선했다.